Lan Hikari (Hikari Netto), quando completa 10 anos, recebe um NetNavi chamado MegaMan.EXE (Rockman)que foi feito por seu pai com o DNA estraido de seu irmão Hub que morreu ainda jovem. Com 11 anos e 6 meses de idade, Lan conheçe o Operador (ou Netop) de Protoman (Blues), Chaud Blaze (Enzan Iujin).
Os dois se enfrentam na Net e Protoman vence. Um tempo depois, Megaman e Protoman salvam o mundo, derrotando o terrível vírus de vida, que tem uma aura superprotetora, que só é desativada durante uns 10 nanosegundos. Depois disso, Megaman é "excluído" e enviado para uma área chamada Undernet que fica lá até Lan entrar na Net e ressucitá-lo.